ＮＰＯ法人を設立し、京都市内で活動をする場合、届出書（法人等設立･解散･変更届）に「商業登記簿謄本（履歴事項全部証明書）」の写しと「定款」の写しを添付して市税事務所法人税務担当（法人市民税担当）に提出してください。
ＮＰＯ法人の活動が「収益事業」に該当しない場合、京都市では法人市民税は課税免除されますので、届出の必要はありません。その後、「収益事業」を開始された時は、届出書（法人等設立･解散･変更届）に「商業登記簿謄本（履歴事項全部証明書）」の写しと「定款」の写しを添付して市税事務所法人税務担当（法人市民税担当）に提出してください。その際、【税務署】に提出された「収益事業開始届出書」の写しも添付してください。
「収益事業」に該当する部分がある場合は、他の法人と同様に法人市民税が課税されます。
この「収益事業」とは税法で定めるもので、特定非営利活動促進法でいう「特定非営利活動」とは一致しない場合があります。設立したＮＰＯ法人の活動が収益事業に該当するかどうかについては、事前に【税務署】にご確認ください。
※京都市への届け出の他に、法人府民税・事業税，法人税の届け出も必要です。
それらの手続きに関しましては、それぞれ【京都地方税機構 申告センター】、【税務署】にお尋ねください。
＜法人市民税の申告＞
税務署で収益事業に該当すると判断された法人については、毎年税務署へ確定申告を提出する期限までに、市税事務所法人税務担当（法人市民税担当）に「法人市民税の確定申告書」を提出してください。
申告する法人市民税は、「法人税割」と「均等割」の合計額となります。
※参考
○法人税割：
ＮＰＯ法人の場合は収益事業を行っているときのみかかります。税務署に申告した法人税額を基にして算定します。
税率は、令和元年１０月１日以降に開始する事業年度は８．２％（一定の条件を満たせば６．０％）で、これを課税標準となる法人税額に掛けて計算します。
○均等割：
ＮＰＯ法人の場合は収益事業を行っているときのみかかります。
ＮＰＯ法人の税率は、事務所や事業所等がある区ごとに年間５万円です。
（例えば、北区と中京区に事務所を設置して一年間活動した場合は、それぞれ５万円がかかり、均等割額は合計で１０万円になります）
＜届出書の提出先・送付先・届出用紙の請求先・お問い合わせ先＞
【京都市市税事務所法人税務担当（法人市民税担当）】
〒６０４－８１７１
京都市中京区烏丸通御池下る虎屋町５６６番地の１ 井門明治安田生命ビル５階
電話：０７５－２１３－５２４７
＜法人府民税・事業税のお問い合わせ先＞
【京都地方税機構 申告センター】
京都市上京区出水通油小路東入丁子風呂町１０４－２
京都府庁西別館４階
電話：０７５－４１７－１３７１
＜各税務署のお問い合わせ先＞
上京税務署 ０７５－４４１－９１７１
中京税務署 ０７５－８４２－１６０１
下京税務署 ０７５－３５１－９１６１
右京税務署 ０７５－３１１－６３６６
東山税務署 ０７５－５６１－１１３１
左京税務署 ０７５－７６１－５３７１
伏見税務署 ０７５－６４１－５１１１
＜電子申告(eLTAX）の利用に関する詳細、操作方法等のお問い合わせ先＞
eLTAX（エルタックス）ヘルプデスク ０５７０－０８１４５９ eLTAXのホームページ https://www.eltax.lta.go.jp/